ВНИИ коневодства был организован в 1930 году, является отраслевым учреждением, осуществляющим научное обеспечение коневодства в России. Под руководством селекционеров института было создано и апробировано 22 породы и 4 внутрипородных типа лошадей.

Институт осуществляет племенной учет, постоянно пополняемая база данных содержит информацию о происхождении и выраженности селекционируемых признаков лошадей. Для сохранения и обработки данных используется ИПС «КОНИ-3», позволяющая создавать селекционные программы совершенствования пород. Разрабатываются методы оценки экстерьера с использованием машинного зрения и искусственного интеллекта.

Лаборатория генетики основана в 1977 году. Разработаны методы маркер-вспомогательной селекции, диагностики заболеваний, программы сохранения генетического разнообразия отечественных пород лошадей, проводится разработка геномных стратегий селекции в коневодстве.

Для сохранения генофонда применяются методы криоконсервации генеративного биоматериала лошадей, с 1972 года функционирует криобанк. Разработана методика трансплантации нативных и криоконсервированных эмбрионов, организован сбор и использование ооцитов.

Функционирует диссертационный совет, проводится обучение в аспирантуре. В 2025 году институт удостоен почетного имени академика В. В. Калашникова.